Criada em 18 de setembro de 1972 com o nome de Fundação Cearense de Meteorologia e Chuvas Artificiais, o órgão estadual iniciou suas atividades a partir da necessidade de encontrar saídas para as severas secas que assolavam o Ceará. Com o avanço das pesquisas em torno do bombardeamento de nuvens, a comunidade acadêmica da Universidade Federal do Ceará (UFC) criou o Bureau de Estudos das Secas, agregado à Faculdade de Farmácia e Odontologia.

 
Após 15 anos dedicando-se aos estudos das modificações artificiais do tempo, através das técnicas de nucleação artificial de nuvens e da climatologia do Ceará, foi criada, em 1987, a atual estrutura, modificando o nome da instituição para Fundação Cearense de Meteorologia e Recursos Hídricos (Funceme), integrando hoje a Secretaria dos Recursos Hídricos do Ceará (SRH).

 
Com 46 anos de história, a Funceme firmou-se como uma das mais importantes instituições no âmbito da pesquisa e desenvolvimento em Meteorologia, Recursos Hídricos e Meio Ambiente do Brasil. Os estudos realizados pelo órgão vêm colaborando não somente para o Estado do Ceará, mas também para a região Nordeste, sendo reconhecida até mesmo internacionalmente pelos seus resultados junto à sociedade, comunidade científica e órgãos públicos.

 
Ao longo do tempo, a utilidade da informação científica evoluiu em um processo que se fortaleceu a partir do início dos anos 2000. A instituição passou a estruturar seus produtos, projetos e programas pensando em uma estratégia que partia das necessidades do usuário. Atualmente, o desenvolvimento de ferramentas e tecnologias que possam ajudar a gestão pública, pesquisadores e a sociedade em geral têm sido um dos diferenciais da Funceme.

Destaque dentro de fora do País, o Núcleo de Meteorologia da Funceme conta a expertise de seu corpo técnico e de computadores para processamento de alto desempenho, além de um sistema de monitoramento de chuvas com 550 postos pluviométricos convencionais. Já o Núcleo de Recursos Hídricos e Meio Ambiente tem sido responsável pela cartografia temática do Ceará e por importantes estudos sobre recursos naturais. As informações geradas pelas pesquisas e tecnologias ainda podem ser acessadas por meio de aplicativos gratuitos como o Funceme Tempo, Monitor de Secas do Nordeste, Funceme Marés, Portal Hidrológico, entre outros.

Entre as inúmeras ações desenvolvidas por seus setores, podem se destacar o monitoramento de eventos extremos na escala de tempo ou cheias e na escala de clima ou secas; a estruturação de um robusto sistema de previsão sazonal de clima; a avaliação dos impactos da variabilidade climática nos setores de recursos hídricos e agricultura; o desenvolvimento de Sistemas de Suporte à Decisão (SSD) para o setor de recursos Hídricos; e a construção de planos de contingência de secas para reservatórios.